疑难注销流程主要包括以下几个步骤：

前期准备

1. 深入了解公司状况 ：全面了解公司的财务状况、法律纠纷、债权债务等情况，确保没有遗漏。
2. 聘请专业团队 ：鉴于疑难注销的复杂性，建议聘请专业的财税咨询团队和律师团队，提供专业的指导和支持。
3. 制定注销方案 ：分析公司具体情况，制定详细的注销方案，包括债务清偿计划、资产处置方式、税务处理策略等。

注销程序

1. 内部决策程序 ：按照公司章程和法律规定，召开股东会或董事会，审议并通过注销决议。
2. 成立清算组 ：依法成立清算组，负责公司的清算工作，包括资产清查、债务清偿、税务处理等，并向债权人发出通知和公告。
3. 清算组备案 ：持清算组备案申请书及公司内部决议等材料到公司登记机关办理清算组备案。
4. 发布公告 ：在省级以上报纸或国家企业信用信息公示系统上发布清算公告，公告期为 45 天，通知债权人申报债权。
5. 清理财产与债务 ：清算组对公司资产进行全面清查、登记和评估，清理债权债务，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案并执行，按法定顺序清偿债务。
6. 税务注销 ：向税务部门申请注销税务登记，提交相关材料，如税务注销申请表、营业执照复印件、完税证明等。税务部门进行税务清算检查后，若符合条件，会出具清税证明。
7. 工商注销 ：清算组在清算结束后制作清算报告，经股东会、股东大会确认后，向公司登记机关申请注销公司登记，提交清算报告、清税证明、营业执照等材料。登记机关审核通过后，发放注销证明。
8. 其他注销手续 ：办理银行账户注销、社会保险登记注销、海关报关单位备案注销等事宜。

后续事项处理

1. 文件归档与保存 ：妥善保管注销过程中产生的所有文件和资料，以备未来可能的查询或纠纷解决。
2. 监督与检查 ：在注销完成后的一段时间内，持续关注和处理可能出现的问题和遗漏。

特殊情形处理

1. 存在股东失联、不配合等问题 ：经书面及报纸（或国家企业信用信息公示系统）公告通知全体股东，召开股东会形成符合法律及章程规定表决比例的决议、成立清算组后，向企业登记机关申请办理注销登记。
2. 存在无法自行组织清算问题 ：债权人、股东、利害关系人等可依照相关法律法规的规定，申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。清算组在清理财产、编制资产负债表和财产清单后，发现企业财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。人民法院裁定强制清算或裁定宣告破产的，企业清算组、破产管理人可持人民法院终结强制清算程序的裁定或终结破产程序的裁定，直接向登记机关申请办理注销登记。